Le Journal de Genève est créé en 1826 à l'initiative de James Fazy, Salomon Cougnard, Jean-François Chaponnière, Jean-Antoine Petit-Senn et Antoine Gaudy-Lefort. Le Journal change souvent de mains et d'orientation jusqu'en 1850, où, sous la direction de Jacques Adert, puis de Marc Debrit, le Journal devient un quotidien et connaît un essor important en adoptant une ligne conservatrice, en opposition au régime radical de Fazy. Grâce aux correspondances à l'étranger et à des écrivains de renom, le Journal acquiert une renommée européenne, en particulier grâce à sa couverture de la guerre franco-allemande de 1870-1871, et se profile comme un organe du libéralisme et de l'humanisme modernes. En 1873, l'entreprise prend la forme d'une société anonyme. Dans les années 1920, et plus particulièrement après la nomination de René Payot comme rédacteur en chef en 1933, la ligne rédactionnelle du Journal se caractérise par un anticommunisme virulent et par une sympathie pour Mussolini et pour Franco. Pourtant, le déclenchement de la Seconde Guerre mondiale offre l'occasion à René Payot d'afficher ses convictions anti-nazies et de soutenir dès 1942 les forces françaises libres, tant dans le Journal de Genève que sur les ondes de la Radio suisse romande.
L'après-guerre correspond à une période de prospérité et de développement pour le Journal de Genève. Olivier Reverdin (1954-1959), puis Bernard Béguin (1959-1970) succèdent à René Payot comme rédacteurs en chef, tandis que ce dernier reste directeur général et que Raymond Deonna devient président du Conseil d'administration. Durant cette période, les finances s'améliorent grâce à l'apport de la publicité du groupe Annonces Suisses SA (ASSA) et au développement de l'imprimerie commerciale.
En 1970, Raymond Deonna donne les rênes du Journal à une équipe jeune formée de Marian Stepczynski (directeur), de Claude Monnier (rédacteur en chef) et de Jasmine Audemars (rédactrice en chef adjointe). Cette équipe promulgue une charte rédactionnelle qui précise la ligne générale et les relations entre les organes dirigeants et la rédaction. Suite à des problèmes financiers récurrents et à une concurrence trop inégale, le Journal de Genève se rapproche alors de la Gazette de Lausanne, avant leur fusion en 1991, puis ce Journal de Genève et Gazette de Lausanne fusionne en 1997 avec le Nouveau Quotidien du groupe Edipresse pour donner naissance au journal Le Temps. Le Journal de Genève paraît pour la dernière fois le 28 février 1998 et Le Temps prend la relève le 18 mars de la même année.